Se define como línea de Investigación a un eje temático amplio y con orientación disciplinaria y conceptual, que se utiliza para organizar, planificar y construir el conocimiento científico en un campo específico de la ciencia y la tecnología; también, se refiere a la estrecha relación entre los trabajos individuales de los profesores que desarrollan investigación y el trabajo conjunto en un programa educativo que se realizan a corto, mediano o largo plazo.

La Maestría en Ciencias en Pesquerías Sustentables cuenta con las siguientes líneas de Investigación: